계통발생 분석은 다양한 방법을 사용합니다. 전통적으로는 식물의 형태적 특징(잎, 줄기, 꽃 등의 모양과 크기, 해부학적 구조 등)을 비교하여 계통수를 작성했습니다. 하지만 최근에는 분자생물학 기술의 발전으로 DNA나 RNA 서열 정보를 이용한 분석이 주류를 이룹니다. DNA 서열을 비교하여 유전적 유사성을 분석하고, 이를 바탕으로 계통수를 구성합니다. 이러한 분자계통학적 방법은 형태적 특징만으로는 알 수 없는 유연관계를 밝히는 데 매우 효과적입니다. 때로는 형태적 특징과 분자 데이터를 함께 사용하여 더욱 정확한 계통수를 얻기도 합니다. 최신 분석 방법들은 통계적 방법을 활용하여 계통수의 신뢰도를 높이는데 초점을 맞추고 있습니다.


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